Với hệ đào tạo đại học, tại khoa Cơ học kỹ thuật và Tự động hóa có các chuyên ngành chính sau:

Chuyên ngành Cơ học thủy khí và môi trường:

Kỹ sư Cơ học kỹ thuật chuyên ngành Cơ học thủy khí và môi trường có thể hoạt động trong các lĩnh vực sau:

- Hoạt động trong các lĩnh vực Công nghệ hoá học, Công nghệ khai thác và vận chuyển dầu khí, Công nghệ qui hoạch và sử dụng nguồn nước, phòng tránh và giảm nhẹ thiên tai, các vấn đề của công nghiệp năng lượng, nhiệt thủy động lò phản ứng hạt nhân.... Các dòng chảy gặp trong các lĩnh vực nêu trên .

- Thay đổi, khai thác và sử dụng các dòng chảy vào mục đích đề xuất các giải pháp công nghệ, tối ưu hoá thiết kế, đảm bảo an toàn vận hành, phục vụ cho sản xuất, khai thác hợp lý tài nguyên môi trường, phòng chống và giảm nhẹ thiên tai....

- Nghiên cứu Cơ học môi trường dựa trên công nghệ mô phỏng và đo đạc thực nghiệm.

- Làm việc tại các cơ quan liên quan đến các lĩnh vực trên.

Chuyên ngành Cơ học kỹ thuật biển:

Các công trình biển gồm có: đê, kè, cầu cảng, giàn khoan biển, đường ống dẫn dầu, ... Kỹ sư cơ học kỹ thuật chuyên ngành Cơ học kỹ thuật biển có thể hoạt động trong các lĩnh vực sau:

- Tham gia sửa chữa, xây dựng mới các công trình trên, tham gia vào quá trình sử dụng năng lượng (thủy triều, sóng, gió), khai thác du lịch, các dàn khoan bê tông thông minh, điều khiển được... tham gia tính toán thiết kế, thi công mới, dựa trên công nghệ mới,các phương pháp xác định tải trọng mới, các phương pháp tính toán sức bền, ứng dụng lý thuyết dẻo, lý thuyết độ tin cậy và tuổi thọ công trình.

- Làm việc trong các cơ quan thiết kế công trình biển hoặc các cơ sở nghiên cứu, giảng dạy liên quan.

Chuyên ngành Cơ điện tử:

Kỹ sư CHKT, thuộc chuyên ngành Cơ điện tử, có các kiến thức Cơ học, Điện tử, Điều khiển Tự động, Máy tính điện tử và kiến thức liên ngành giữa 4 lĩnh vực đó như Cơ điện, CAD, các hệ điều khiển số, Điều khiển tương tự, Phân tích và tổng hợp hệ thống, Mô phỏng hệ thống, Vi điều khiển và xử lý tín hiệu số, Cảm biến và cơ cấu chấp hành, Các hệ nhúng, Công nghệ phần mềm, Trí khôn nhân tạo, Rôbốt ... Kỹ sư CHKT, thuộc chuyên ngành này có thể hoạt động trong các lĩnh vực sau::

- Có kỹ năng thực hành tốt, có khả năng nắm bắt các vấn đề kỹ thuật, công nghệ có khả năng tổng hợp liên ngành để sáng tạo, thiết kế và chế tạo sản phẩm mới trong ngành Cơ điện tử.

- Có thể làm việc tại Phòng thiết kế, Phòng kỹ thuật, Phòng thí nghiệm của nhà máy, tổng công ty, các Liên hiệp sản xuất, giảng dạy, nghiên cứu ứng dụng và triển khai tại trường Đại học, Viện nghiên cứu về Cơ học, Điện tử, Điều khiển, Cơ khí, máy và Tự động hoá